Rinnegan to ograniczenie więzów krwi Rikudou Sennin (Mędrca Sześciu Ścieżek) i jego potomków. Rikudou Sennin był przedstawiony jako pierwotny shinobi, a jego doujutsu traktowane jako najpotężniejsze z trzech wielkich doujutsu. Mówi się, że jako pierwotny shinobi stworzył współczesne ninjutsu. Rinnegan był traktowany jako bóg stworzenia, kiedy świat był umęczony chaosem i jako broń destrukcji, która mogła zwrócić wszystko w nicość. Używanie Rinnegana może dać władze użytkownikowi nad wszystkimi sześcioma elementami chakry.

Prawdziwe zdolności Rinnegana obecnie są nieznane. Sierota z AmeGakure (Wioski ukrytej w deszczu), Nagato, był dziedzicem doujutsu i używał go nie
zdawając sobie z tego sprawy, kiedy był zły i wystraszony. Wchodził w stan berserka, który pozwalał mu pokonywać o wiele silniejszych wrogów. Może tą samą zdolnością, która pozwalała mu nigdy nie przegrywać jako "Pein", przywódca frakcji buntowników AmeGakure i Akatsuki. Nagato pod przykrywką Peina miał także zdolność do przechodzenia pomiędzy sześcioma różnymi ciałami. Za każdym razem, gdy Nagato przenosił się do innego ciała, jego Rinnegan podróżował z nim.
To prawdopodobnie daje początek nawie "transmigracji". To cykl reinkarnacji i odrodzenia występującego w Hinduizmie i Buddyzmie. Jest sześć stadiów odrodzenia w kosmologii, przedstawiające wszystkie dobre i złe możliwości życia.