W świecie "Naruto" człowiek zbudowany jest odrobinę inaczej niż ten, o którym uczymy się na lekcji biologii. W swoim ciele ma oprócz dobrze nam znanych układów: krwionośnego i limfatycznego, jeszcze jeden - ten, przez który przepływa CHAKRA. Czym jest owa "czakra"? Żeby to wyjaśnić, najpierw musimy się zagłębić w trochę inne aspekty naszego ciała. Jak chyba każdy z nas wie, homo sapiens posiada coś takiego, co zwykło się nazywać "energią fizyczną", albo też "sprawnością fizyczną" - pozwala nam ona na bieganie, skakanie, robienie pompek, granie w piłkę i koszykówkę. Oczywiście, jeden zrobi sto pompek z palcem w nosie, a drugie będzie umierał po dziesięciu. To wszystko zależy. Oprócz potęgi naszych przepięknych mięśni, posiadamy też takie fajne, miękkie coś, na co wołają "mózg". Za jego pomocą możemy wykonywać wiele interesujących rzeczy - myśleć na ten przykład (dajcie mi Nobla za to). Właśnie mózg stanowi o drugiej "energii" jaką posiadamy - energię psychiczną (mentalną). Dzięki niej możemy kojarzyć fakty, zapamiętywać rzeczy, dodawać, ściągać na sprawdzianach, czy też czytać. Chakra to nic innego jak połączone obie te energie. Stanowi ona podstawę do wykonywania jakichkolwiek technik powiązanych z ninjutsu i genjutsu. Shinobi, który chce użyć np. Kage Bunshin no Jutsu musi doprowadzić do harmonii pomiędzy umysłem a ciałem, zmieszać oba te atrybuty z sobą, wydobyć tak powstałą chakrę, zawiązać pieczęć,a następnie odwołać się do któregoś z żywiołów (Katon [ogień], Doton [ziemia], Suiton [woda], Fuuton [wiatr], Raiton [piorun]) i dopiero może się "podzielić". Jak widać z teoretycznego punktu widzenia wygląda to niezwykle prosto, ale jak życie nas zawsze uczy - zawsze wszystko się komplikuje w najgorszy sposób jaki może być.
Po pierwsze, ninja musi znać dokładną ilość chakry potrzebną do wykonania danej techniki. Jeżeli wydobędzie jej z siebie zbyt mało to może w ogóle nie dojść do inicjacji techniki, a jeśli użyje jej zbyt wiele, to wtedy zaczynają się efekty uboczne (nienadające się do niczego klony przy Bunshin no Jutsu). Co więcej, nie każdy potrafi wykorzystywać energię ciała i ducha w 100%. Mówiąc po ludzku, niektórzy zużywają olbrzymią ilość energii mentalnej i fizycznej, a powstaje jedynie bardzo niewielka ilośc chakry. Taka osoba dużo szybciej się męczy w czasie walki a i efekty wykonywanych jutsu są zwykle słabsze (mniej klonów przy Kage Bunshin No Jutsu, lub przywołanie słabszego potwora przy Kuchiyose no Jutsu). Można to porównać do samochodu - jeżeli będziemy nieumiejętnie jeżdzić, źle zmieniać biegi to nasz wóz będzie palił paliwo jak smok, mimo, że odgórnie założone zużycie paliwa powinno być dużo mniejsze.

Po wykonaniu jakiejś techniki, w ciele shinobi zostaje zwykle całkiem spora ilość niewykorzystanej chakry, bierze się to z tego, że tak naprawdę, nie jest istotna ilość niebieskiej energii jaką wymieszamy, liczy się to ile jej zużyjemy podczas wykonywania danego jutsu. Co więc z tymi pozostałościami? Jak już wspomniałem wcześniej, w ciele każdego człowieka (w świecie "Naruto" oczywiście) istnieje układ, którego zadaniem jest równomierne rozprzestrzenianie chakry po całym ciele. To właśnie w nim krążą pozostałości po wykonywanych technikach. W praktyce, energia płynąca w tym układzie jest ciągła, nigdy nie przestaje płynąć, nigdy nie "wysycha". Ma to wiele pożytecznych zastosować w codziennym życiu wojowników - często nie muszą "mieszać" chakry, a jedynie mogą wykorzystać tę, która znajduje się w układzie.
Cieniutkie żyłki, przez które przepływa błękitna energia plączą się z żyłami, tętnicami i dodatkowo oplatają wszystkie ważniejsze organy człowieka. Chodzi o to, że shinobi może wykorzystać chakrę, jako awaryjne źródło energii dla organizmu; niestety, niesie ze sobą to też wiele wad. Istnieją ninja, którzy potrafią atakować układ przepływu chakry człowieka, dla przykładu - Klan Hyuuga. Poprzez takie ataki są w stanie uszkadzać te drobniutkie żyłki w krytycznych dla organizmu ludzkiego miejsca, a co za tym idzie, niszczyć organy takie jak serce, wątroba, czy płuca. Można więc powiedzieć, że ten układ jest piętą achillesową shinobich. Problem w tym, że natura wymyśliła jeszcze jeden. Na skórze ludzkiej znajdują się niewidoczne gołym okiem otworki, przez które chakra może wydostawać się do otoczenia. Nazywają się tenketsu i jest ich łącznie 64, rozmieszczone są tak, aby energię można było skumulować w każdej części ciała - ręce, nodze, głowie, a nawet palcu. Znów jednak, niektórzy shinobi potrafią atakować tenketsu i je "zatykać". Gdy uda im się "zaczopować" wszystkie 64 z nich, ofiara traci możliwość używania ninjutsu i genjutsu i pozostaje jej się bronić tylo i wyłącznie za pomocą taijutsu.

Chakra tak naprawdę jest zabójcza dla człowieka, gdyż odbiera mu jego naturalną życiową energię. Nadwyrężając się i kumulując jej zbyt wiele (np. używając zbyt wiele razy Chidori) można doprowadzić nawet do własnej śmierci. Istnieje kilka technik, które sę szczególnie "chakrożerne" jak na przykład wpsomniane już Chidori, Sharingan, Kage Bunshin no Jutsu (ogólnie techniki podziału wymagają naprawdę dużej ilości energii) czy Kuchiyose no Jutsu (choć tutaj najważniejsza jest wielkość i siła stworka, który jest przyzywany).