NinJutsu - ten rodzaj jutsu polega na skomplikowanej kombinacji pieczęci. Do tego typu ataku niezbędna jest Chakra, którą posiada większość shinobi. Zalicza się do niej pięć żywiołów : ogień (Katon),ziemia (Doton), woda (Suiton), powietrze (Fuuton) i błyskawica (Raiton). Właśnie w świecie ninja technik tego rodzaju jest najwięcej, ponieważ każdy shinobi, zdolny używać NinJutsu może stworzyć własną technikę. Np. Naruto jest twórcą techniki Sexy no Jutsu.
Techniki NinJutsu: Kage Shuriken no Jutsu, Fukumi Hari, Doku Kiri, Doro Geashi, Kage Bushin no Jutsu, Hari Jizou, Bakuretsu Kage Bunshin no Jutsu, Rashoumon, Yomi Numa, Daijigoku no Jutsu, Tajuu Kage Bunshin no Jutsu, Shishi Enjin, Doryo Dango, Suishouha, Ryuuka no Jutsu, Kasumi Enbu No Jutsu, Housenka, Mikadzuki no Mai, Goukakyuu no Jutsu, Karyuu Endan, Doryuu Taiga, Doryuudan, Suijinheki, Kirigakure no Jutsu, Tsubame Fubuki, Rouga Nadare no Jutsu, Mizu Bunshin no Jutsu, Hyouro no Jutsu, Suikoudan no Jutsu, Daibakufu no Jutsu, Haryuu Muuko, Suirou no Jutsu, Suiryuudan no Jutsu, Daisan no Me, Suna bunshin, Suna Shigure, Suna Shuriken, Sabaku Kyuu, Sabaku Taisou, Suna no Yoroi, Sabaku SouSou, Kuro Higikki Ippatsu Kurasuri Engeki, Gokusamaisou, Ryusa Bakuryu